對于醫藥凈化車間工程來說，穩定、精細控制好凈化車間壓差，其目的是保證醫藥凈化車間在正常工作或平衡暫時受到破壞時，干凈的空氣能從潔凈度高的區域流向潔凈度低的區域，使車間的潔凈度不受到污染空氣的干擾。壓差控制是藥廠凈化車間凈化空調系統設計的重要環節，是保證藥廠凈化車間潔凈度的重要措施。藥廠凈化車間壓差控制一般會分為三個步驟。

  1、確定醫藥凈化車間工程潔凈區各車間的壓差。藥廠凈化車間與周圍的空間須維持一定的壓差，并應按生產工藝要求決定維持正壓差或負壓差。不同等級的車間以及潔凈區與非潔凈區之間的壓差，應不小于5Pa。潔凈區與室外的壓差，應不小于10Pa。

  2、確定醫藥凈化車間工程維持壓差的壓差風量。潔凈區各車間維持正壓差的壓差風量，需要由室外新風補充。因此藥廠凈化車間正壓差風量的大小，直接影響到凈化空調系統的新風比，以及凈化空調系統的耗能源。維持負壓差的壓差風量，由該車間外滲入車間，在很多情況下，其是未經凈化處理的室外風，因此藥廠凈化車間負壓差風量的大小，直接關系到負壓車間的潔凈度。換氣次數法，即根據藥廠凈化車間換氣次數來估算車間壓差風量。在實際工程應用中，該方法具有簡便、易行、較準確等優點，是常用的方法。

  3、維持醫藥凈化車間工程潔凈室壓差恒定。藥廠凈化車間壓差值、壓差風量，都只是理論值，需要采取一定的技術措施和設施來實現。在實際工程中，控制藥廠凈化車間壓差的方式有多種：一般的情況下，采取定風量系統的方式較多，即首先保證藥廠凈化車間送風量相對恒定，調節車間回風量或排風量，從而控制壓差風量，維持壓差值；還可在車間回風支管上安裝手動對開多葉調節閥或蝶閥，調節回風量，控制室內壓差。